Genetinės diagnostikos laboratorija

Onkobiožymenys – tai (epi)genetiniai pokyčiai (genų mutacijos, genų ar mikroRNR raiškos, genų promotorių metilinimo ir kiti pokyčiai), kurie nustatomi navikuose ir skysčių biopsijoje – kūno skysčiuose. Tam tikri genetiniai pokyčiai gali būti paveldimi (tokie kaip germinalinės BRCA1 ar BRCA2 mutacijos) ir gali lemti padidėjusią riziką susirgti vėžiu, lemti paveldimus vėžio sindromus, o kiti genetiniai pokyčiai atsiranda jau navikinėse ląstelėse vykstant onkogenezės procesams (EGFR, BRAF, KRAS, NRAS ir kitų genų somatiniai pokyčiai). Šie pokyčiai gali padėti nustatyti vėžį, prognozuoti jo eigą ir taip pat gali pasitarnauti kaip taikiniai vėžio terapijai.

Tyrimuose ir klinikinėje praktikoje genetiniai onkobiožymenys yra nustatomi naujos kartos sekoskaitos (toliau – NKS), Nanostring ir kPGR metodais. NKS pranašumas yra visuminis mėginio ištyrimas, naujų mutacijų paieška. Vienos reakcijos metu galima nustatyti ligonio ėminyje esamus pasirinktų genų ar viso genomo pokyčius. Ypač svarbus šios technologijos pritaikymas onkologijoje ne tik dėl daugeliui navikų būdingų germinalinių ar somatinių mutacijų pacientams nustatymų, bet ir dėl galimybė įsilieti į tarptautinius projektus. Duomenys iš šių tarptautinių tyrimų yra kaupiami duomenų bazėse.Taip vėžio identifikavimo, klasifikavimo, vystymosi, progresijos ir atsparumo į gydymą ar jo pritaikymą žinios yra plečiamos. Žinant dažniausius taikininius genus, yra atliekami kPGR tyrimai, leidžiantys pigiau ir greičiau nustatyti dominančius pokyčius.

(Epi)genetiniai vėžio žymenys gali būti nustatomi iš naviko medžiagos, paimtos biopsijų ar operacijos metu, o germinalinių ląstelių tyrimai atliekami iš kraujo leukocitų. Navikinėms ląstelėms mirštant ar kitų procesų metu į kūno skysčius (kraują, šlapimą ir kt.) patenka navikų nukleorūgštys, kurios taip pat gali būti nustatomos NKS, kPGR metodais. Skysčių biopsija yra vienas iš būdų leidžiantis neinvazyviais metodais stebėti ligos eigą ir nustatyti šių genų patologinius pokyčius, kurie atsiranda naviko vystymosi ar atsako į gydymą ir ligos progresijos metu. Skysčių biopsijos ėminių periodinis rinkimas ir jų tyrimas tiksliais metodais kaip naujos kartos sekoskaita gali padėti padidinti ligonių išgyvenamumą diagnozuojant ligą ir ligos progresiją anksčiau.

Laboratorijoje atliekami diagnostiniai ir prognostiniai tyrimai:

• BRCA1 ir BRCA2, KRAS, NRAS, BRAF, EGFR, PIK3CA, CHEK2 dažniausių patologijų nustatymas;
• Krūties vėžio prognostinių genų žymenų tyrimas (Prosigna);
• Paveldimo krūties ir kiaušidžių vėžio genų tyrimas, remiantis detalia naujos kartos sekoskaitos analize;
• Paveldimų vėžio sindromų genų tyrimas, remiantis detalia naujos kartos sekoskaitos analize

Laboratorijoje atliekamas mėginių paruošimas moksliniams tyrimams / studijoms:

• Mėginių rinkimas, paruošimas moksliniams tyrimams (kraujas, šlapimas, išmatos, ascitai, krūtinplėvės, gimdos ertmės nuoplovos, biopsiniai audiniai).
• Mėginių paruošimas ir siuntimas Lietuvos ir užsienio partneriams.

Laboratorijoje taikomi molekuliniai metodai moksliniams tyrimams:

Mėginių paruošimas ir nukleorugščių gryninimas iš įvairių biologinių medžiagų (kraujo (plazma, leukocitai, serumas), šlapimo nuosėdos, krūtinplėvės, gimdos ertmės nuoplovos, biopsiniai audiniai, FFPE) atliekamas automatizuotai (QIAcube), fenolio-chloroformo, magnetinių dalelių, chromatografijos kolonėlių su stiklo pluošto filtrais metodais, audinių disocijacija (GentleMACS).

·       Nukeorūgščių tyrimai:

• Genų mutacijų nustatymas naujos kartos sekoskaita (Ion Torrent S5 system);
• Molekulių ir jų skaičiaus analizė (NanoString nCounter® Dx);
• Nukleorūgščių padauginimas PGR, genų promotorių DNR metilinimo tyrimai (MSP);
• Genų transkriptų, mikroRNR raiškos tyrimai (AT-kPGR), genotipavimas (kPGR), kiekybiniai genų promotorių DNR metilinimo tyrimai (QMSP).