Notch genų raiškos pokyčių kiekybiniai tyrimai kiaušidžių vėžio ląstelėse po poveikio interferonu gama

Iš Europos Sąjungos struktūrinių fondų lėšų bendrai finansuojamo projekto
Nr. 09.3.3-LMT-K-712-22-0300 „Notch genų raiškos pokyčių kiekybiniai tyrimai kiaušidžių vėžio ląstelėse po poveikio interferonu gama“ įgyvendinimas

Projektas „Notch genų raiškos pokyčių kiekybiniai tyrimai kiaušidžių vėžio ląstelėse po poveikio interferonu gama“

• Projekto įgyvendinimo pradžia: 2020 m. lapkritis
• Projekto įgyvendinimo pabaiga: 2021 m. balandis
• Projekto vertė: 2557,78 Eur
• Projekto tikslas – sustiprinti tyrėjo gebėjimus ir pajėgumus vykdyti aukšto lygio molekulinės biologijos mokslinį tyrimą ir eksperimentinės plėtros veiklas, ypač dirbant su ląstelių kultūromis, praplėsti spektrą studento praktinių ir teorinių žinių molekulinės biologijos srityje, įgauti mokslinio projekto vykdymo patirties.

              Didžiausia projekto vertė yra ta, kad studentė išmoks dirbti su ląstelių kultūromis, kas yra būtina siekiant gilinti žinias apie biožymenų veikimo mechanizmus vėžinėse ląstelėse. Taip pat stiprins tyrimo metu gautų duomenų analizės, sisteminimo, aprašymo ir pristatymo mokslinei bendruomenei įgūdžius, pateikdama mokslinio darbo ataskaitą ir skaitydama pranešimą mokslinės konferencijos metu. Studentės magistro darbas siejasi su kiaušidžių vėžio klinikinių biožymenų nustatymo tyrimais, todėl šios praktikos metu įgyta ląstelių kultivavimo  ir genų raiškos tyrimų in vitro kompetencija leistų ateityje detaliau ištirti biožymenų vaidmenį molekuliniu lygmeniu vėžinėse ląstelėse.

Projekto veiklos aprašymas – projekto metu studentas ugdys įgūdžius mokslinių tyrimų in vitro srityje, išmoks dirbti su kiaušidžių vėžio ląstelių kultūromis. Kiaušidžių vėžys yra daugiausiai mirčių sukelianti onkoginekologinė liga. Žinoma, kad Notch signalinis kelias dalyvauja ląstelių diferenciacijos ir atsparumo chemoterapijai procesuose. Be to, Notch signalinio kelio komponentai yra svarbūs kiaušidžių vėžio patogenezei. Vienas iš galimų šio kelio reguliatorių yra citokinas interferonas gama, kurį naviko mikroaplinkoje išskiria imuninės ląstelės. Šis citokinas pasižymi tiek pro-apoptotinėm, tiek naviko augimą skatinančiom savybėm. Todėl studentė semestro metu ugdys gebėjimus tirdama skirtingo histologinio tipo A2780 ir SK-OV-3 kiaušidžių vėžio ląstelių gyvybingumo pokyčius ir atsaką molekuliniu lygmeniu po poveikio interferonu gama. Notch 1-4 receptorių genų raiška bus tiriama kiekybinės PGR metodu. Kadangi Notch signalinis kelias dalyvauja atsparumo chemoterapijai procesuose, keliame hipotezę, kad šiose ląstelių linijose registruosime skirtingą Notch genų raišką po poveikio interferonu gama.

Projekto poreikis - Notch signalinis kelias dalyvauja ląstelių proliferacijos, diferenciacijos ir chemorezistentiškumo procesuose. Taip pat, nustatyta, kad Notch signalinio kelio komponentai yra svarbūs kiaušidžių vėžio patogenezei (Cancer ir Atlas, 2011). Parodyta, kad interferonas gama reguliuoja  Noch kelio genų raišką makrofaguose, tačiau nedaug žinoma apie šio citokino svarbą Notch genų raiškos pokyčiams vėžinėse ląstelėse (Shang, Smith ir Hu, 2016). Šis citokinas pasižymi tiek pro-apoptotinėm, tiek naviko augimą skatinančiom savybėm (Zaidi, 2019; Martin-Hijano ir Sainz, 2020), todėl šio darbo metu tirsime A2780 ir SK-OV-3 kiaušidžių vėžio ląstelių gyvybingumo pokyčius ir atsaką molekuliniu lygmenių po poveikio interferonu gama. Tyrimui pasirinkome žmogaus kiaušidžių karcinomos ląsteles A2780 ir  žmogaus kiaušidžių adenokarcinomos ląstelės SK-OV-3. Taip pat, A2780 ląstelių kultūra išvesta iš chemoterapija negydyjo paciento navikinio audinio (SigmaAldrich, 93112519), o SK-OV-3 (ATCC, HTB-77) ląstelių kutūra pasižymi atsparumu TNF ir cis-platinai. Kadangi Notch signalinis kelias dalyvauja chemoresistentiškumo procesuose, galima tikėtis, kad šiose ląstelių linijose registruosime skirtingą skirtingą Notch genų raišką po poveikio interferonu gama.

Projekto uždavinys - dirbant su ląstelių kultūromis, praplėsti studento praktines ir teorines žinias kiaušidžių vėžio molekulinės biologijos srityje, įgauti mokslinių tyrimų in vitro vykdymo patirties.

Projekto veikla - A2780 ir SK-OV-3 ląstelių kultūrų kultivavimas su interferonu gama, ląstelių gyvybingumo MTT metodu matavimas ir surinkimas nuo kultivavimo indų genų raiškos tyrimams, pradmenų Notch receptorių genų raiškos tyrimams parinkimas, Iš surinktų ląstelių informacinės RNR išskyrimas, kopijinės DNR sistezė ir genų raiškos tyrimas kiekybinės PGR metodu.

Projekto darbo planas:

1. Įsisavinti ląstelių kultivavimo metodiką ir kultivuoti dvi skirtingas A2780 ir SKOV3 ląstelių kultūras. Išmokti sukurti pradmenis genų raiškos tyrimams, ir parinkti pradmenis Notch signalinio kelio receptoriams.
2. Empiriškai nustatyti ląstelių kutivavimo su interferonu gama optimaliausias sąlygas, išmatuoti ir statistiniais metodais įvertinti ląstelių gyvybingumo pokyčius MTT metodu po poveikio interferonu gama.
3. Parinkti optimalų laiką genų raiškos tyrimams po poveikio inferferonu gama. Nuo kultivavimo indo pagrindo atkelti tripsinu ir suskaičiuoti ląsteles, išskirti iš ląstelių RNR, susintetinti kopijinę DNR ir kiekybinės PGR reakcijos metodu naudojant SYBR GREEN dažą, ištirti Notch receptorių pokyčius A2780 ir SKOV3 ląstelių kultūrose ir po poveikio interferonu gama.
4. Gautų duomenų statistinė analizė, mokslinės ataskaitos ruošimas.