VU Gyvybės mokslų centre disertacijų gynimai: bus kalbama ir apie tai, kas formuoja organizmo imuninį atsaką į naviką

2020 m. rugsėjo 25 d.  15 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7) RENATAS KRASAUSKAS gins disertaciją „A. baumannii BfmRS sistemos įtaka patogeno išlikimui aplinkoje ir tarp-bakterinėje konkurencijoje“ biochemijos mokslo krypties daktaro laipsniui gauti. Vadovė – prof. dr. Edita Sužiedėlienė.

Disertacijos anotacija: Acinetobacter baumannii yra Gram-neigiamas oportunistinis patogenas, pastaraisiais metais išplitęs viso pasaulio ligoninėse, kur infekuoja sunkiomis ligomis sergančius ligonius ar individus su nusilpusia imunine sistema. Bakterija pasižymi įvairiomis reguliuojamomis savybėmis, leidžiančiomis adaptuotis ir plisti nepalankioje aplinkoje. Vienas iš mechanizmų, kuriais bakterijos reaguoja į aplinkos pokyčius, yra dvikomponentės reguliacinės sistemos. Atsakui į aplinką pasitelkiamos ir baltymų sekrecijos mašinos. Deja, bet šių struktūrų valdymo mechanizmai A. baumannii bakterijoje yra menkai ištirti. Geresnis jų supratimas ne tik prisidėtų prie bendro patogeno fiziologijos išaiškinimo, bet ir paskatintų naujų terapijos metodų kūrimą.

Disertacijoje mes parodėme, kad A. baumannii dvikomponentė sistema BfmRS yra būtina bakterijos pelikulių formavimui. Tuo pačiu metu, ši sistema slopina bakterijos judėjimą terpės paviršiumi. Nustatėme, kad BfmRS kartu slopina ir A. baumannii koduojamą nuo kontakto priklausomą augimo slopinimo mechanizmą, kuris naudojamas tarpbakterinėje konkurencijoje. Mes ištyrėme, kad šio mechanizmo toksinis komponentas yra išskiriamas į augimo terpę ir slopina jautrių bakterijų augimą nuo ląstelės-ląstelės kontakto nepriklausomu būdu. Galiausiai parodėme, kad A. baumannii formuojama kapsulė gali efektyviai apsaugoti nuo šio mechanizmo. Apibendrinant, A. baumannii BfmRS sistema dalyvauja ne tik patogeno plitime, bet ir jam vykdant tarpbakterinę konkurenciją.

Disertacijos gynimą stebėti galite ir nuotoliniu būdu naudodamiesi šia nuoroda: https://tinyurl.com/y2mzmnur

2020 m. rugsėjo 25 d. 16 val. VU Gyvybės mokslų centro R-102 auditorijoje (Saulėtekio al. 7) JUOZAS NAINYS gins disertaciją „Aukšto našumo pavienių ląstelių sekoskaita ir analizė“ biochemijos mokslo krypties daktaro laipsniui gauti. Vadovas – prof. dr. Linas Mažutis.

Disertacijos anotacija: 2015 m. įvykęs technologinis proveržis įgalino aukšto našumo pavienių ląstelių transkriptomo analizę (scRNA-Seq) ir atvėrė naujas sudėtingų biologinių organizmų analizės galimybes. Šioje disertacijoje pristatomi scRNA-Seq metodo „inDrops” optimizavimo tyrimai bei metodo pritaikymas sudėtingų biologinių sistemų analizei. 

Atliktos metodo optimizacijos leido iki 10-ies kartų padidinti iš pavienių ląstelių nustatomų transkriptų skaičių.

Antroje disertacijos dalyje pristatomi epitelinių ląstelių virsmo mezenchiminėmis (EMT) tyrimai. Šis procesas buvo pirmą kartą charakterizuotas pavienių ląstelių lygmenyje, naudojant HMLE ląstelių modelinę sistemą. Vienas iš technologinių taikyto metodo trūkumų yra tai, jog nustatoma tik dalis kiekvienos ląstelės transkriptų. Dėl šios savybės silpnos genų sąveikos gali būti sunkiai pastebimos pradiniuose duomenyse. Disertacijoje pristatoma, kaip ši problema sprendžiama praturtinant duomenis taikant difuzinių žemėlapių algoritmus.

Trečioje disertacijos dalyje pristatomi klinikinių mėginių tyrimai. 

Bendradarbiaujant su MSKCC (JAV) gydytojais buvo pirmą kartą parengtas krūties vėžio pacientų imuninių ląstelių atlasas. Šį atlasą sudaro 62000 pavienių ląstelių, surinktų iš aštuonių pacientų. Pristatomi rezultatai atskleidžia itin didelę įgyto bei įgimto imuniteto ląstelių įvairovę bei leidžia manyti, jog lokalių nišų įvairovė vėžio mikroaplinkoje atlieka svarbų vaidmenį formuojant organizmo imuninį atsaką į naviką.

Disertacijos gynimą stebėti galite ir nuotoliniu būdu naudodamiesi šia nuoroda: https://tinyurl.com/y3tvnfet

2020 m. rugsėjo 29 d. 14 val. VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7) BENJAMINAS VALIAUGA gins disertaciją „Chinonų ir nitroaromatinių junginių redukcijos flavininėmis dehidrogenazėmis-transhidrogenazėmis mechanizmų tyrimai“ biochemijos mokslo krypties daktaro laipsniui gauti. Vadovas - habil.  dr. Narimantas Čėnas.

Disertacijos anotacija: Šiame darbe tiriamos dvi flavininės dehidrogenazės-transhidregenazės – E. coli nitroreduktazė A (NfsA) ir T. maritima tioredoksino reduktazė (TmTR). Nitroreduktazės pastaruoju metu sulaukė dėmesio dėl nitroaromatinių junginių biodegradacijos problemų bei dėl genais pagrįstos priešnavikinės chemoterapijos. TmTR katalizuojamos reakcijos svarbios ir dėl susidomėjimo hipertermofilinių mikroorganizmų taikymu kuro ar pramoninių chemikalų sintezėje. Buvo nustatyta, kad dvielektroninė chinonų ir nitroaromatinių junginių redukcija NfsA vyksta pagal „ping-pong“ mechanizmą su greitį limituojančia oksidacine pusiaureakcija, o labiausiai tikėtinas chinonų redukcijos NfsA mechanizmas yra vienstadijinė (H-) hidrido pernaša. Antrojoje nitroaromatinių junginių redukcijos į hidroksilaminus stadijoje pagrindinis vaidmuo tenka tiesioginei nitrozo junginio redukcijai NADPH. Fermento FMN standartinis oksidacijos-redukcijos potencialas, -0,215 V, yra pakankamai artimas E. cloacae nitroreduktazei (-0,190 V). TmTR katalizuoja mišrią vien- ir dvielektroninę chinonų ir nitroaromatinių junginių redukciją pagal „ping-pong“ mechanizmą su greitį limituojančia oksidacine pusiaureakcija. Chinonų redukcijos metu stebimas FAD semichinono (FADH●) susidarymas rodo, kad limituojančia proceso stadija gali būti FADH● oksidacija. TmTR FAD oksidacijos-redukcijos potencialas, -0,230 V, yra artimas kitoms žemos molekulinės masės tioredoksino reduktazėms.

Disertacijos gynimą stebėti galite ir nuotoliniu būdu naudodamiesi šia nuoroda: https://tinyurl.com/y2nb782r